Penuh Insiden
Faktor keamanan juga jadi “perhatian” pihak Lockheed. Melihat konsep yang disandang adalah jet pencegat (interceptor) untuk beroperasi di ketinggian tinggi, maka cara kerja kursi lontar pun dibalik. Perangkat penyelamat pilot ini terlontar ke arah bawah, bukan ke atas seperti lazimnya jet tempur. Secara teknis, kursi lontar baru bekerja di atas ketinggian 152 meter. Alasan utamanya, adalah untuk menghindari sang pilot agar tak tertabrak ekor pesawat saat eject.
Tetapi kemudian timbul pertanyaan: bagaimana bila situasi gawat terjadi ketika Starfighter terbang di ketinggian rendah? Saran dari pihak pabrik adalah membalik tubuh pesawat (inverted) sebelum menarik tuas kursi lontar. Akan tetapi jujur saja, hampir tak mungkin seorang pilot mengikuti saran ini. Buktinya hampir semua pilot yang kehilangan nyawanya justru gara-gara konfigurasi kursi pelontarnya. Alhasil untuk F-104 generasi berikutnya cara kerja kursi lontarnya dibuat melesat ke atas.
Keganasan Starfighter melalap nyawa sang pilot dibuktikan saat pesawat ini baru mengumpulkan jam terbang kumulatif sebanyak 100.000 jam. Dengan jumlah jam terbang tadi tercatat terjadi 49 kali musibah fatal. Agar lebih adil mungkin ada baiknya melibat data musibah yang pernah menimpa pesawat jenis lain milik AU AS pada masa itu dalam 5.000 jam pertama operasionalnya. Musibah paling sedikit dialami General Dynamic F-111 yang hanya mengorbankan tiga pesawat. Kemudian berturut-turut F-4 Phantom (6 pesawat), F-100 Super Sabre dan F-106 Delta Dagger (7 pesawat), F-105 (delapan pesawat), F-102 Delta Dart (sembilan pesawat), F-101 Voodoo (11 pesawat), dan terakhir F-104 Starfighter dengan 14 pesawat. Jadi pantas saja bila F-104 kemudian kondang dengan julukan “Widow Maker” dan “The Mach 2 Mistake”.
Melihat kenyataan ini, hanya beberapa bulan setelah operasional F-104 A dan B yang ada terpaksa grounded. Selain masalah dari kursi lontar, problem sebenarnya juga datang dari aktuator afterburner mesin J79. Akibatnya kecepatan pesawat harus dibatasi saat terbang mendatar. Supaya selamat, hanya ada dua pilihan kecepatan yaitu mach 1 atau mach 2,2. Seperti yang diakui sang pencipta, Kelly Johnson, problem ini baru bisa ditangani sembilan tahun kemudian, tatkala General Electric melahirkan varian lanjutan mesin J79, yaitu J79-GE-3B. Walau penuh masalah, tercatat USAF pernah memesan sebanyak 155 buah F-104A. Pesanan ini meningkat hingga 722 buah ditahun 1958, termasuk didalam versi pembom-tempurnya (fighter bomber) yaitu F-104C.