Setelah tidak ada kepastian dalam menunggu dakwaan, tersangka teroris pun masih menunggu 90 hari lagi untuk menanti penuntutan jaksa, seperti yang disebutkan dalam perubahan Pasal 25 ayat (4) Rancangan Peraturan Pemerintah Pengganti UU Tindak Pidana Terorisme:
Untuk kepentingan penuntutan, penahanan yang diberikan oleh penuntut umum berlaku paling lama 90 (sembilan puluh) hari.
Apabila Jaksa Penuntut Umum merasa atau tidak dapat membuat berkas penuntutan sebagaimana disebut dalam Pasal 25 ayat (4) Rancangan Peraturan Pemerintah Pengganti UU Tindak Pidana Terorisme, maka berdasarkan Pasal 25 ayat (6) Rancangan Peraturan Pemerintah Pengganti UU Tindak Pidana Terorisme:
Dikecualikan dari jangka waktu penahanan sebagaimana dimaksud pada ayat (3) dan ayat (5) guna kepentingan penyidikan atau penuntutan, jangka waktu penahanan dapat diperpanjang oleh ketua pengadilan negeri dalam waktu paling lama 60 (enam puluh) hari.
Jaksa masih dapat memperpanjang jangka waktu penahanan demi kepentingan penuntutan selama 60 hari lagi dengan seizin Ketua Pengadilan Negeri.
