Berkaitan dengan itu, Tentara Nasional Indonesia (TNI) pun berencana untuk mendirikan pangkalan militer baru di Indonesia timur. Pilihan lokasinya adalah Biak dan Merauke di Papua serta Morotai di Maluku.
Panglima TNI Jenderal Gatot Nurmantyo menjelaskan bahwa pasukan Indonesia saat ini, khususnya Angkatan Udara, lebih terkonsentrasi di Pulau Jawa. Ia menambahkan bahwa pangkalan Angkatan Udara di Yogyakarta dijadikan lokasi pelatihan pilot, sedangkan Malang Air Force Base di Jawa Timur telah digunakan sebagai rumah skuadron Hercules, serta pangkalan Angkatan Udara Madiun sebagai rumah jet tempur.
