Namun, kejayaan VOC juga disertai dengan berbagai masalah. Salah satu masalah utama yang dihadapi oleh perusahaan ini adalah korupsi dan manajemen yang buruk. Para petinggi VOC seringkali memperoleh keuntungan pribadi melalui praktik korupsi dan penyelewengan keuangan. Selain itu, pemerintahan VOC juga dikenal karena memperoleh kekayaan dengan cara yang kasar dan tidak manusiawi, termasuk penghisapan sumber daya alam dan penindasan terhadap penduduk lokal. Perlakuan buruk terhadap penduduk pribumi menyebabkan banyak pemberontakan dan perlawanan, yang pada akhirnya merusak reputasi VOC dan mengganggu stabilitas wilayah Hindia Timur.
Krisis ekonomi yang melanda Belanda pada akhir abad ke-18 juga berdampak buruk pada VOC. Perang Napoleon dan blokade yang dilakukan oleh Inggris menyebabkan terhentinya perdagangan VOC dengan Eropa. Pasokan rempah-rempah terhenti, dan pendapatan perusahaan drastis menurun. VOC yang sudah terbebani oleh utang besar akibat manajemen yang buruk tidak mampu bertahan dalam kondisi ekonomi yang sulit ini.
Pada tahun 1796, Pemerintah Belanda yang baru dibentuk setelah Revolusi Prancis mengambil alih kendali VOC dan memutuskan untuk mengambil langkah-langkah tegas untuk mengatasi masalah keuangan perusahaan. Pada tanggal 31 Desember 1799, VOC secara resmi dibubarkan. Kekayaan dan aset VOC dilelang untuk membayar utang perusahaan, dan kekuasaan pemerintah atas wilayah Hindia Timur diserahkan kepada Pemerintah Belanda.
