Walau Bung Tomo ingin berkonsentrasi dalam berbagai gerakan sosial kemasyarakatan, kepemudaan serta perjuangan membela bangsa dan negara, namun ayahnya memaksa Bung Tomo masuk perguruan tinggi.
Bung Tomo pun kemudian pada tahun 1959 tercatat sebagai mahasiswa di Fakultas Ekonomi Universitas Indonesia atas usulan keluarga. Kuliahnya baru selesai di tahun 1968 dengan penyusunan skripsi akibat intensitas serta keterlibatannya dalam berbagai gerakan perjuangan kemerdekaan. Adapun skripsi yang disusunnya diberi judul Pengaruh Agama pada Pembangunan Ekonomi di Daerah Pedesaan Indonesia dengan dosen pembimbing Prof. Dr. Selo Soemardjan. Karena faktor sulitnya mencari bahan serta data untuk skripsinya, Bung Tomo baru dinyatakan lulus pada tahun 1969.
Bung Tomo mengatakan ia memperoleh filsafat kepanduan yang disertai kesadaran nasionalis dari kakeknya dan juga Kepanduan Bangsa Indonesia atau KBI yang merupakan organisasi tempat Bung Tomo bergabung.
Prestasi yang berhasil diraih adalah dengan menjadi orang kedua di Hindia Belanda yang mencapai tingkat Pandu Garuda di usia 17 tahun. Peringkat tersebut hanya berhasil diraih oleh tiga orang Indonesia sebelum pendudukan Jepang tahun 1942. Selain itu, Bung Tomo juga pernah merintis karir menjadi jurnalis yang sukses dan bergabung dengan berbagai organisasi politik dan sosial. Pada tahun 1944 Bung Tomo terpilih menjadi anggota Gerakan Rakyat Baru yang merupakan organisasi disponsori Jepang.
Saat Surabaya diserang pasukan Inggris yang mendarat guna melawan tentara pendudukan Jepang dan membebaskan tawanan Eropa selama bulan Oktober dan November 1945, Bung Tomo memegang peran penting sebagai pemimpin yang menggerakkan serta membangkitkan semangat rakyat Surabaya untuk melakukan perlawanan.
Seruan pembukaan Bung Tomo dalam pidato penuh emosi yang disiarkan radio mengobarkan semangat juang demi tercapainya kemerdekaan Indonesia. Bung Tomo sendiri dikenal mempunyai pengaruh yang kuat di kalangan para pemuda dan juga pejuang Indonesia karena Bung Tomo dengan lantangnya berani membakar semangat perjuangan para pemuda serta pejuang tersebut untuk bertempur sepenuh hati melawan pasukan sekutu.
Walau kekuatan para pemuda dan pejuang saat itu tidak seimbang dengan kekuatan pasukan sekutu dan berakhir dengan kekalahan, akan tetapi rakyat Surabaya berhasil memukul mundur pasukan Inggris hingga peristiwa pertempuran 10 November 1945 tersebut tercatat sebagai salah satu peristiwa terpenting dalam sejarah kemerdekaan bangsa Indonesia.
Setelah kemerdekaan Indonesia di tanggal 17 Agustus 1945, Bung Tomo kemudian mendirikan pabrik sabun dengan mengumpulkan uang iuran dari para tukang becak pada tahun 1950 di Surabaya. Pabrik sabun ini bertujuan untuk menolong tukang becak tersebut, namun kelanjutan ide pendirian pabrik sabun gagal tanpa adanya pertanggungjawaban keuangan.
