Pada Agustus 1948, Amir membawa tiga kompi pasukan Hizbullah yang menolak bergabung ke TNI ke Pekalongan yang ditinggalkan TNI akibat Persetujuan Renville. Amir berbohong dengan mengatakan dirinya dikirim Panglima Besar Sudirman untuk mencegah Belanda mendirikan negara boneka di sana demi membujuk penduduk setempat agar mau bergabung dengannya.
Selain itu Amir juga mendirikan Majelis Islam beserta pasukan bersenjata Mujahidin buat menghimpun serta mengumpulkan kekuatan. Pasukan bersenjatanya tersebut diberi nama Tentara Islam Indonesia atau TII dan dikenal dengan sebutan Batalyon Syarif Hidayat Widjaja Kusuma atau SHWK.
Saat Agresi Militer Kedua dilancarkan Belanda, TNI yang dipimpin Mayor Wongsoatmodjo bersama kesatuan Mobile Brigade atau Mobrig yang dipimpin Komisaris Bambang Suprapto melakukan wingate di Pekalongan.
Awalnya Amir Fatah bekerja sama dengan TNI dan Polri dalam menghadapi Belanda, namun kemudian Amir melanggar kerja sama tersebut setelah diangkat Kartosuwiryo. Amir pun menjadikan Bumiayu sebagai basis pertahanan pasukannya dan melakukan penyerangan ke berbagai pos TNI termasuk pos TNI di Pekalongan, termasuk penyerangan ke pasukan Mobrig yang sedang patroli yang menyebabkan terbunuhnya Komisaris Bambang Suprapto.
Gerakan pemberontakan DI/TII di Jawa Tengah sempat kuat dikarenakan pemberontakan Batalyon 426 yang berada di Kedu serta Magelang atau Divisi Diponegoro. Ditambah juga dengan faktor terjadinya kerusuhan di Merapi-Merbabu akibat perbuatan Gerakan Merapi-Merbabu Complex atau MMC.
Tujuan pemberontakan DI/TII di Jawa Tengah
Walau pendirian NII oleh Kartosuwiryo diikuti pengakuan gerakan yang sama di berbagai wilayah di seluruh Indonesia, akan tetapi tidak semua gerakan DI/TII tersebut mempunyai tujuan yang sama, misalnya tujuan pemberontakan DI/TII yang terjadi di Jawa Tengah.
Jawa Tengah yang letak geografisnya tidak jauh dari Jawa Barat dimana banyak kabupaten berbatasan langsung sangatlah dipengaruhi oleh ide berdirinya NII. Karena itulah pada tahun 1950 Amir Fatah selaku pimpinan pemberontakan DI/TII di Jawa Tengah membuat pernyataan bahwa Jawa Tengah merupakan bagian dari NII Jawa Barat.
