Lembaga negara yang tidak ada lagi setelah Amandemen Undang-undang Dasar 1945 adalah Dewan Pertimbangan Agung atau DPA yang digantikan dengan dewan pertimbangan yang bertugas memberi pertimbangan serta nasihat pada Presiden.
Majelis Permusyawaratan Rakyat
MPR bukan lagi lembaga tertinggi negara melainkan menjadi salah satu lembaga tinggi negara dengan kedudukan yang sama dan setara dengan lembaga tinggi negara lainnya. Dengan begitu kewenangannya menetapkan GBHN serta memilih Presiden tidak lagi berlaku. Kewenangannya yang masih berlaku adalah mengubah serta menetapkan Undang-undang Dasar.
Keanggotaan MPR juga berubah, yaitu saat ini susunan keanggotaannya terdiri dari semua anggota DPR serta anggota DPRD yang terpilih dalam Pemilu Legislatif dengan masa jabatan selama lima tahun serta mesti melakukan sidang paling tidak satu kali selama masa jabatan di ibu kota negara.
Wewenang MPR antara lain adalah menetapkan dan mengubah Undang-undang Dasar, melantik Presiden serta Wakil Presiden, dan juga memberhentikan Presiden dan Wakil Presiden dalam masa jabatan sesuai Undang-undang Dasar.
Dewan Perwakilan Rakyat
Setelah Amandemen Undang-undang Dasar 1945, posisi serta kewenangan DPR diperkuat, salah satunya adalah memiliki kekuasaan membentuk Undang-undang yang sebelumnya hanya memberikan persetujuan atas pengajuan Rancangan Undang-undang yang dibuat Presiden.
Susunan keanggotaan DPR sendiri terdiri dari anggota DPR Pusat dan DPRD yang terpilih lewat Pemilu Legislatif dan menjabat selama lima tahun. Jumlah anggota DPR sesuai Undang-undang Pemilu No. 10 Tahun 2008 adalah 560 orang yang diresmikan dengan Keputusan Presiden.
Tugas dan wewenang DPR juga kian dipertegas, yaitu fungsi legislasi dengan membuat Undang-undang, fungsi anggaran dengan menetapkan APBN serta fungsi pengawasan dengan mengawasi pemerintah dalam menjalankan Undang-undang. Sementara hak anggota DPR meliputi hak interpelasi, hak angket dan hak menyatakan pendapat.
Dewan Perwakilan Daerah
DPD merupakan lembaga negara baru yang tidak ada sebelum Amandemen Undang-undang Dasar 1945. DPD dibentuk mewakili kepentingan daerah dalam badan perwakilan tingkat nasional sebagai pengganti utusan daerah dan utusan golongan yang dihilangkan.
Anggota DPD terdiri dari perwakilan tiap provinsi yang dipilih rakyat di daerah secara langsung lewat Pemilu yang berjumlah maksimal ? dari jumlah anggota DPR dengan jumlah anggota yang berbeda-beda tiap provinsi dan maksimal empat orang.
Kewenangannya meliputi mengajukan dan turut serta dalam pembahasan Rancangan Undang-undang terkait otonomi daerah, hubungan antara pusat dan daerah, serta RUU lain terkait kepentingan daerah.
Presiden
Sebagai kepala negara yang sekaligus juga kepala pemerintahan, Presiden memegang kekuasaan eksekutif dalam menjalankan pemerintahan. Sesuai Undang-undang Dasar 1945, Presiden dan Wakil Presiden dipilih rakyat secara langsung lewat Pemilu dan dilantik oleh ketua MPR dalam sidang MPR dengan masa jabatan selama lima tahun, berbeda dengan masa sebelum Amandemen Undang-undang Dasar 1945 dimana Presiden diangkat oleh MPR.
Setelah Amandemen UUD 1945, kekuasaan legislatif yang sebelumnya dipegang serta dijalankan Presiden sepenuhnya diserahkan ke DPR. Perubahan lainnya adalah masa jabatan Presiden yang sebelumnya tidak terbatas dibatasi menjadi maksimum dua periode. Serta mesti memperhatikan pertimbangan DPR dalam wewenangnya mengangkat dan menerima duta serta memberikan grasi, abolisi dan juga amnesti.
